巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。 巨人化したエレンの活躍により、人類はウォール・ローゼのトロスト区奪還に成功する。成功と同時に意識を失ったエレンが目を覚ますと、そこには調査兵団団長、エルヴィン・スミスの姿が。エルヴィンは巨人の謎が眠るとされるエレンの生家への調査を決意。そのためにはエレンの力が必要だと言うが‥‥。

エレンらの住むパラディ島の外には、他の人間が住む世界が広がっていた。その中の一国「マーレ」は諸外国との戦争中。苦戦を強いられる中、彼らはパラディ島に攻め入り「始祖の巨人」を手に入れる決意を新たにする。ここにもまた、必死に生きる子供たちの姿があった・・・・・・。

巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。 王家の血を引くジークを迎え入れ「地鳴らし」の発動条件を手に入れたエレン達。だが兵団は、エレンがジークに操られていた場合の危機を考慮し、二人を引き合わせることに躊躇。そしてマーレからの義勇兵を拘束してしまう。その事態に一部の兵士や民衆が不満を溜める中、ついにエレンが単独行動を起こす。

王政を打倒し、旧体制派を一掃した調査兵団。新たに手に入れた光る鉱石とエレンの硬質化能力によりウォール・マリア奪還作戦への準備を着々と進める。一方、ライナーとベルトルトは獣の巨人と共に迎撃態勢を整え……!!　そして決戦前夜、シャーディスが語るエレンの父・グリシャとの出逢い、そして「845年のあの日」の真実とは!?

巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。 超大型巨人と鎧の巨人の正体が発覚。エレンとユミルは、彼らに連れ去られてしまう。二人を奪還すべく調査兵団が動き始めるが、エレンとユミルの間に亀裂が走り……!! かつて苦楽を共にした104期の仲間達が、敵味方にわかれて戦うことに!

巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。 「始祖の巨人」の力を掌握したエレンは生まれ育ったパラディ島の平和のため、島外の人類を根絶やしにすることを決意する。そして行進を開始したエレンと巨人の大群。彼らは救世主なのか悪魔なのか。結論は出ないまま、ミカサやアルミン達は世界を助けるために動き始めた……。

エレンの生家に眠る「巨人の謎」を求め、壁外調査に乗り出した調査兵団。その前に知性を持った「女型の巨人」が現れた。兵団壊滅の危機に陥りながらも「女型の巨人」を捕らえたエルヴィンは、女型の正体に迫る……。

エレン、ユミルを「故郷」に連れ帰ろうとするライナーとベルトルト。調査兵団は決死の突撃によりエレンを奪還する。だがその代償は大きく、さらにユミルがライナーの元に残る決断をし……。